國防部為強化水下嚇阻戰力，自明年起編列14個年度、2840億餘元預算，採購7艘國造潛艦後續艦。根據國防部114年度公開預算書陳述，潛艦後續艦明年度預算僅20億元，但後年起即邁入高峰，單年執行170億餘元，並在2031年單一年度達到執行321億餘元，逐步迎接新戰力。
不過，對於外傳正進行泊港測試的海鯤號，有超過70項裝備測試未通過，國民黨立委徐巧芯主張凍結後續艦首筆預算20億元，待原型艦海測通過後，再編後續艦預算。
對此，吳思瑤說，海鯤號所有測試都要嚴謹進行，希望後續在非常多國艦國造、國機國造等攸關台灣國防自主的預算編列審查過程，大家應當回到就事實、論事實討論；海鯤號的測試還在進行中，卻看到在野黨似乎有未議而決的趨勢，還沒討論、進入審查，就對相關預算採取質疑、甚至杯葛立場，這都不正確。
她說，未來立法院開議，大家可以就監督專業，在相關委員會提出所關切的部分，行政部門應當完整說明，爭取朝野立委支持，未來審議預算進到立院程序，大家專業、嚴謹監督，不應未議而決，採取已有政治立場的預設態度。