後備指揮部所管轄的部隊，為分布於全國各地的18個縣市後備旅，各旅平時僅維持170至300人左右的基礎幹部，但在戰時或臨戰時期，可大量動員後備軍人，形成步兵為主、曲射砲兵為輔的輕裝戰力，主要負責城鄉守備與縱深作戰重任。
在國防部全民防衛動員署於2022年1月成立後，後備指揮部即為全動署下轄單位，但同年6月，國防部執行一項實驗性質變革，也就是將後備指揮部改編配於陸軍司令部，滿足我國地面防衛需求，並有利於兵力統籌運用。經過2年多的試行驗證後，後備部於今年2月1日，再度回到全動署管轄。
顧立雄近期於國防部媒體茶敘時表示，後備部先前的編配為實驗性質編裝，但經過檢討後，認為後備組織與幕僚機制的事權應統一，並建構後備動員合一機制，也就是由全動署統一管理後備部，平時除了協助全民防衛動員事項，也要統合軍、民動員能量兼顧教召訓練，
但顧立雄也強調，在作戰時期，後備部所屬縣市後備旅聽從各個作戰區指揮官的指令，因為這些兵力屬於作戰區可指揮的部隊，而非後備指揮部指揮的單位。